Mechanistische Modelle versuchen, die Mikroprozesse im Boden zu simulieren, die eine Bedeutung für den Abbau von Mineralölkohlenwasserstoffen haben. Die Kunst liegt in der Beschränkung auf die entscheidenden Zusammenhänge, die von den zahlreichen Vorgängen im System Boden abstrahiert werden müssen. Dieser Punkt ist essentiell, zum Einen weil die Integration von nicht limitierenden Parametern mehr Chaos als Ordnung in ein Modell bringen kann, zum Anderen, weil nur so der Rechenaufwand auf ein praktikables Maß reduziert wird. Im Folgenden sollen die wichtigsten Ansätze zur Modellierung von Abbauprozessen erläutert werden. Für eine ausführlichere Abhandlung siehe zum Beispiel den ausgezeichneten Artikel von Alexander und Scow (1989).
Der Abbau von Kohlenwasserstoffen in Böden wird von Mikroorganismen geleistet, die